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El 4 de agosto de 1983 y partiendo del Burgos Promesas con Félix Castrillo como presidente, se crea un nuevo equipo, el REAL BURGOS C.F, con camiseta roja y franja vertical marrón, pantalón blanco, medias blancas con vueltas granates.
El equipo militaría en Tercera División.
En la temporada 1983-84, con un equipo de cantera, con Luis Astorga como entrenador, 4700 socios y 34 millones de presupuesto. Se empieza un camino como equipo.
Se consiguen 111 goles a favor, record absoluto en la historia del fútbol español, alcanzando la promoción. Pero esta temporada no se consigue el tan deseado ascenso ya que, aunque los números del Real Burgos C.F. eran inmejorables, en la fase de ascenso a Segunda B fueron arrollados por el filial de F.C. Barcelona.
En la temporada 1984-85, en la que se incorpora al guardameta Bastón, se consigue el ascenso a Segunda División B.
El Real Burgos C.F. de nuevo campeón de la liga se enfrentaría en la segunda ronda al Huesca. En el Plantio venció el Real Burgos por 1-0 y el empate sin goles en la vuelta hizo al Real Burgos equipo de Segunda B.
El héroe del partido fue el guardameta Bastón que con paradas decisivas hizo posible el ascenso.
En la temporada 1985-86, ya en segunda división B, el Real Burgos tuvo que esperar el asalto a segunda división, debido a la reestructuración de la Liga de fútbol.
Antonio Marañón sustituye en la presidencia a Félix Castrillo, y con José Antonio Irulegui como entrenador el Real Burgos estuvo a punto de ascender, al quedar segundo en la clasificación, pero debido a la reestructuración de la liga, sólo ascendería el primer clasificado.
Es de destacar esta temporada la eliminación del Murcia (campeón de Segunda División) en la Copa, al Osasuna, y por poco también al Zaragoza, que fue campeón ese año.
En la temporada 1986-87, ascenderían cuatro equipos, disputándose la cuarta plaza el Real Burgos y el Salamanca.
En la segunda parte del encuentro, a los 10 minutos, Tamayo adelantó al Real Burgos, pero diez minutos después empató Prieto para el Salamanca. El resultado no le valía al Real Burgos, pero, en la última jugada del partido, Mata bota un corner al primer palo, peina el balón Portugal al segundo y allí, Eizmendi cabecea a la red, el Real Burgos ya era equipo de Segunda División.
En la temporada 1987-88, con la llegada de Kresic se intenta dar salto de calidad, pero el equipo no se refuerza lo suficiente y los resultados no son los esperados, aunque el tecnico croata deja buenos momentos de fútbol.
Jose Antonio Martínez Navarro, sustituye a Antonio Marañón en la presidencia, aunque es sustituido al poco tiempo por Jesús Sáiz.
En la temporada 1988-89, el equipo comienza a tener una situación económica complicada, y en el ámbito deportivo, entra como entrenador Luis Astorga que sustituye a Sergio Kresic en el banquillo y consigue salvar al equipo de categoría.
Antonio Martínez Laredo vuelve a ocupar la presidencia del equipo de Burgos de la ciudad, elige como entrenador a José Antonio Naya y le encarga confeccionar una plantilla con aspiraciones de ascender a la primera división.
En la temporada 1989-90, José Antonio Naya es contratado como entrenador y se cambia totalmente la plantilla, viniendo entre otros, Tocornal, Juric y Ribera.
Se configura así un equipo importante, que se mantiene líder y logra el ascenso a Primera División el 6 de mayo de 1990 en el campo de San Mamés frente al Athletic B con empate a uno.
El Real Burgos, quedo campeón de segunda división con 50 puntos, merced a sus dieciocho victorias y catorce empates, alcanzo la cifra de 53 goles a favor y 24 en contra.
En la temporada 1990-91, se traen refuerzos para la nueva temporada en Primera División con jugadores de la talla de Joseba Aguirre, Balint, Elduayen, Ayúcar y Alejandro.
Se consigue el apelativo de “mata gigantes”, al vencer al Real Madrid en las dos ocasiones y empatar contra el Barça en su campo.
En la temporada 1991-92, se traen nuevos refuerzos con Jiménez, Emilio, Narciso, Loren y Limperger, de Hungría, consiguiendose estar durante varias jornadas en la parte alta de la clasificación acabando finalmente en el puesto noveno. Se llego a acariciar los puestos europeos.
Durante esta temporada, Vicente Miera, convoca para la selección nacional al portero Elduayen, aunque no llegó a debutar.
En la temporada 1992-93, el entrenador Novoa, que se va al Español, es sustituido por Theo Vonk, que será cesado en diciembre y sustituido por Monchu, que dejará su puesto finalmente a Miguel Sanchez, que no consigue evitar el descenso.
Mientras el Real Burgos está inmerso en su conversión a Sociedad Anónima Deportiva. Gracias a la ayuda del Ayuntamiento, y a punto de vencer el plazo se consigue la conversión, quedándose Martinez Laredo fuera de la compra de acciones.
En la temporada 1993-94, Miguel Sanchez planificó la temporada, para consolidarse en la segunda división. Los resultados no acompañaban y se hablaba más de lo extradeportivo que de mantener el club. Juan Antonio Gallego se hizo cargo del club y Miguel Sanchez dejo su puesto a Manzanedo, que a su vez cedio el puesto a Luis Astorga. Abandonado por los directivos, accionistas y aficionados, se finalizo la temporada de mala manera. El Real Burgos C.F. fue condenado a descender a Segunda Division B.
Para la temporada 1994-95, los problemas económicos hacen que el Real Burgos sea embargado por sus acreedores, al declararse la suspensión de pagos y la declaración de quiebra.
El Real Burgos es descendido a Tercera División desapareciendo de la competición. El Atlético Burgalés es también descendido a Regional Preferente por su filialidad con el Real Burgos C.F. El fútbol burgalés se queda sin representación en las categorías nacionales en la capital.
En la temporada 2011-12, bajo la presidencia de Juan Antonio Gallego, y una vez prescritas o condonadas todas sus deudas, vuelve a la competición en provincial aficionados siendo su aspiración la de escalar peldaños hacia nuevas glorias.
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El mejor equipo del mundo y de aquellos años
no ha desaparecido, lo que pasa es que no compite